地球を救った黒装束の2人組が5年ぶりにスクリーンに・・・、要するに続編がやってきた。
エージェントＪはＭＩＢに入局してから5年が経ち、トップ・エージェントになっていた。しかし当時の相棒Ｋが引退して以来気の合う相棒が見つからず、現在の相棒Ｔの記憶も消してしまう。上司Ｚはパグ犬エイリアンをエージェントＦとして昇格させ、Ｊの相棒に任命する。
そして事件が発生する。ピザ屋の主人である宇宙人が殺された。唯一の目撃者ローラに話を聞くと、犯人はセクシー・ランジェリーのモデルに化けたエイリアンで"ザルタの光"というものを探しているらしい。ローラに惚れたＪはＭＩＢの規約を破り、ローラの記憶を消すのを止める。
"ザルタの光"を追っていくうちに、ザルタの光は惑星を消滅する力があり、25年前にＭＩＢのあるエージェントがその件を扱っていたことを知る。そのエージェントがＫだった。
引退し、郵便局長として働いていたＫの元を訪れ、ＭＩＢに引き戻そうとするＪだが、Ｋは自分がＭＩＢのエージェントだったことを覚えていない。記憶を取り戻させるためにＭＩＢ本部にＫをつれてきたが、ザルタの光を探すエイリアン、サーリーナがＭＩＢ本部をのっとってしまう。運良く記憶再生室にいたＪとＫは緊急脱出装置で難を逃れ、Ｋの記憶を再生させるために武器商人のもとを訪ねる。そこで記憶を再生させたが、一部の記憶は再生されなかった。
順番に記憶を辿っていくことになった2人がここから本領を発揮していく。史上最高のエージェントと言われたＫと、5年の年月を経て再会したＫという最高の相棒と組み合えたＪの"バディ・ムービー"へと物語りはなっていくのだ。パート1で見せてくれた軽いジョークを交えながら、問題を次々と解決していく。
いくつかの謎解きを経てザルタの光の謎を解いたＪとＫはザルタの光を手に入れたサーリーナとの最終決戦に挑む・・・。

ＪとＫの絶妙なコンビネーションやいろいろな種類のエイリアンの登場といったパート１の流れを汲みながら、随所でパワー・アップしている。まずはパート1で登場したパグ犬。今回はなんと、エージェントＦに昇格し、Ｊとコンビを組むまでになっている！そしてこのＦが面白い。犬の外見をしているくせに人間言葉を話し、その内容は下ネタや戯言が多い。歌も歌うし、女を口説きもする。
またパート1で登場したＭＩＢ仕様の車もフォードからベンツへとグレード・アップ。赤いボタンが残っている点は、前回の流れを汲んでいて、これぞ続編映画だと感じた。
新しいエイリアンもたくさん登場している中で、前回コーヒールームで雑用的な仕事をしていたワームが今回も登場し、前回以上の活躍をしているのを見て嬉しく思えた。前回はコーヒールームのみの登場だったが、今回はワームの家(？)も登場し、最後の方で重要なポジションも与えられていて、とても可愛いとは言えない外見にも関わらず、愛着を感じさせてくれた。
さらに今回の敵キャラはセクシーな女性の容姿を持つエイリアン。前回の農夫と比べても外見だけでなく、知能指数もかなり高い。しかし、圧倒的に強いという描き方をされているわけではなく、わりとあっさりとした描き型をされていた。それがこのＭＩＢ流の敵の描き方なのだと思う。敵を圧倒的な強さで描いてしまうと、ＭＩＢのコミカルさが薄れてしまう。この映画の核はＪとＫの"コミカル"な部分であって、強い敵を倒す"強さ"ではない。だからこそ、あっさりとしているのだろう。

どうやらパート3も作られるそうだ。個人的な意見を言わせてもらうなら、パート3公開時に"3部作完結編"といった謳い文句で宣伝するのは止めてほしい。なぜなら、パート4、パート5・・・と見ていきたいから。